2021年10月3日，新疆伊犁州霍尔果斯市发现2人核酸检测结果呈阳性，目前已进行医学隔离治疗。截止10月3日0—24时，全国新增确诊1例，新增无症状感染2例。
10月3日0—24时，31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例27例。其中境外输入病例26例(云南7例，广东4例，上海3例，山东3例，黑龙江2例，湖南2例，北京1例，河北1例，内蒙古1例，浙江1例，广西1例)，含4例由无症状感染者转为确诊病例(湖南2例，浙江1例，广东1例);本土病例1例(在黑龙江哈尔滨市)。无新增死亡病例。无新增疑似病例。
当日新增治愈出院病例38例，解除医学观察的密切接触者775人，重症病例与前一日持平。
境外输入现有确诊病例505例(其中重症病例2例)，无现有疑似病例。累计确诊病例9140例，累计治愈出院病例8635例，无死亡病例。
截至10月3日24时，据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例857例(其中重症病例4例)，累计治愈出院病例90765例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例96258例，无现有疑似病例。累计追踪到密切接触者1201863人，尚在医学观察的密切接触者28257人。
31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者15例，其中境外输入13例，本土2例(均在新疆伊犁哈萨克自治州);当日转为确诊病例4例(均为境外输入);当日解除医学观察14例(均为境外输入);尚在医学观察的无症状感染者343例(境外输入330例)。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28547例。其中，香港特别行政区12226例(出院11920例，死亡213例)，澳门特别行政区71例(出院64例)，台湾地区16250例(出院13742例，死亡843例)。
10月3日，新疆伊犁州霍尔果斯市在三天1次常规核酸检测中，发现2人核酸检测结果呈阳性，经专家诊断均为新冠肺炎无症状感染者，目前已转运至霍尔果斯市定点医院进行隔离医学观察。
当日，伊犁州霍尔果斯市疫情防控工作指挥部立即启动应急响应，已排查密切接触者192人，全部落实隔离医学观察措施，相关流调排查、核酸检测等工作正在进行中。
国家卫生健康委10月4日派出工作组赴新疆伊犁指导疫情处置工作。
