上海市包括普通机场和虹桥机场两大国际机场，分别位于城东西两侧，2009年实现旅客吞吐量5700万人次，此后航线航班也在不断新增。在新增航线中不乏国际航线，包括芝加哥、波士顿、吉隆坡等城市，下面我们来看详细名单。
以下名单为浦东机场和虹桥机场2个机场发班航线。
国内航线：
鞍山、阿克苏、安康、北海、北京、保山、广州、哈尔滨、邯郸、汉中、巴彦淖尔、毕节、白山、包头、百色、巴中、朝阳、长沙、重庆、赤峰、长治、成都、池州、长春、敦煌、丹东、潍坊、乌兰浩特、乌鲁木齐、西安、信阳、永州、岳阳、宜宾、大同、大连、迪庆、东营、达州、大庆、大理、抚远、赣州、固原、广元、桂林、贵阳、呼和浩特、海口、黑河、荆州、鸡西、锦州、济宁、井冈山、景德镇、加格达奇、库尔勒、喀什、昆明、吕梁、衡阳、合肥、海拉尔、哈密、惠州、淮安、揭阳、济南、金昌、嘉峪关、佳木斯、临汾、运城、烟台、延安、延吉、营口、榆林、伊春、珠海、张家界、澜沧、泸州、恩施、鄂尔多斯、阜阳、佛山、福州、丽江、连云港、乌海、西双版纳、襄阳、厦门、兴义、兰州、柳州、临沂、拉萨、陇南、龙岩、六盘水、洛阳、芒市、牡丹江、绵阳、梅州、南阳、南宁、南充、南昌、攀枝花、普洱、齐齐哈尔、泉州、琼海、青岛、秦皇岛、日照、日喀则、石家庄、三亚、深圳、邵阳、三明、沈阳、太原、唐山、通化、天津、通辽、腾冲、铜仁、梧州、温州、威海、万州、武汉、忻州、西昌、西宁、锡林浩特、玉林、银川、宜春、宜昌、张掖、湛江、郑州、张家界、舟山、昭通、中卫、遵义。
国际航线：
雅典、芝加哥、布鲁塞尔、阿姆斯特丹、奥克兰、巴塞罗那、首尔、悉尼、新加坡、旧金山、西雅图、波士顿、柏林、曼谷、巴厘岛、杜塞尔多夫、法兰克福、福冈、香港、胡志明市、夏威夷·火奴...、汉堡、雅加达、高雄、吉隆坡、马德里、曼彻斯特、纽约、台中、墨尔本、木兰、大阪、巴黎、名古屋、伦敦、洛杉矶、澳门、釜山、罗马、斯德哥尔摩、台北、东京、多伦多、普吉岛、温哥华、苏黎世。
每年上海虹桥机场和浦东机场均会根据旅客量、特殊原因增减航班班次和航线，因而具体查看购票平台，实时信息。
2021年3月28日起吉祥航空实施新的夏秋季航班计划，此次夏秋航季吉祥航空将新增上海=赣州、温州=桂林、张家界=合肥、上海=沈阳=海拉尔、温州=武汉、赤峰=呼和浩特、杭州=赤峰=哈尔滨、上海=赤峰、上海=泉州等14条国内航线，加强以上海为中心的长三角地区与东北、华中等地区的联系，满足不断增长的春季旅游市场需求，为各地的商旅游客提供了越来越丰富的选择和便利。
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